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饲料原料是加工饲料的基础，选择原料先要保证原料的90%来源于已认定的绿色食品产品及其副产品，其他可以是达到绿色食品标准的产品;其次，要注意选购消化率高、营养变异小的原料。据测定，选择高消化率的饲料至少可以减少粪尿中5%氮的排出量。再次是要注意选择有毒有害成分低、安全性高的饲料，以减少有毒有害成分在畜禽体内累积和排出后的环境污染。饲料加工的精准程度对畜禽的消化吸收影响很大，不同的畜禽对饲料加工的要求是不一样的。采用膨化和颗粒化加工技术，可以破坏和抑制饲料中的抗营养因子、有毒有害物质和微生物，改善饲料卫生，提高养分的消化率，使粪便排出的干物质减少三分之一。
饲料对养殖鱼类体色的影响，主要是通过影响鱼体生理机能，使之出现障碍，继而影响鱼类体色系统，导致体色的变化。通过饲料配方的调整、饲料原料的选择可以对鱼体体色进行有效的控制，这样既可以保证养殖鱼类体色维持正常状态，也可以通过饲料有目的地调控养殖鱼体的体色。在饲料中有针对性地添加适当的色素，有助于改善鱼体的体色状况。当前水产动物营养与饲料的研究主要集中于养殖动物的营养需求、新蛋白源的开发与利用、营养与免疫、生理代谢等方面，对于投饲策略的研究涉及甚少。投饲策略的研究，一方面可以在实际养殖生产中实现精细化、标准化和数字化的管理，减少饲料浪费，提高经济效益；另一方面减少了水环境的污染，使得水产品质量安全大大提升。因此，在大力支持水产养殖可持续发展的情况下，应加强对投喂模式和投喂策略的进一步探寻。
温度对配合饲料的保管和贮存影响很大，因为配合饲料里存在营养物质和少量水分，为细菌的生存、繁殖提供了有利条件，高温下细菌体内酶的活性有1定程度提高,细菌活动性增强,大量繁殖,使配合饲料中的组成成分迅速分解，以致腐败变质，产生大量的有害物质，水产养殖动物吃了霉变的饲料，不仅会影响其正常生长，长期以往，有毒有害物质在水产养殖动物体内蓄积，后还会殃及消费者的身体健康。当温度低于10℃时，霉菌生长缓慢，高于30℃则生长迅速，配合饲料会迅速变质，因此，高温期间配合饲料应贮存在低温通风处。贮存饲料的库房应具有隔热、避光、防辐射等性能，因而库顶要有隔热层，周围种树遮荫，墙壁还要涂上白色以减少热量的吸收。
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